สำรวจอาณาจักรแบคทีเรียและเชื้อราด้วยเทคโนโลยีจาก Macrogen (Identification Service)

สำรวจอาณาจักรแบคทีเรียและเชื้อราด้วยเทคโนโลยีจาก Macrogen
ในยุคที่การวิจัยและการศึกษาทางชีววิทยามีความสำคัญมากขึ้น การระบุชนิดของจุลชีพอย่างแม่นยำกลายเป็นสิ่งจำเป็น Macrogen จึงนำเสนอบริการที่ครอบคลุมและทันสมัยเพื่อช่วยนักวิจัยในการระบุชนิดแบคทีเรียและเชื้อราได้อย่างแม่นยำและรวดเร็ว ด้วยเทคโนโลยีการทำ 16S, 18S, 26S และ ITS rRNA sequencing

การระบุชนิดแบคทีเรีย
สำหรับการระบุชนิดแบคทีเรียใช้เทคนิค PCR ของยีน 16S rRNA เป็นส่วนหนึ่งของ ribosomal RNA ที่พบเฉพาะในแบคทีเรียและมีการอนุรักษ์สูง โดยใช้ไพรเมอร์ 27F และ 1492R เพื่อทำการเพิ่มปริมาณ DNA และการจัดลำดับ DNA ใช้ไพรเมอร์ 785F และ 907R ซึ่งเป็นไพรเมอร์ภายในเพื่อทำการระบุชนิดของแบคทีเรียอย่างแม่นยำ

การระบุชนิดเชื้อรา
การระบุชนิดของเชื้อราเป็นกระบวนการที่ใช้เทคนิคการจัดลำดับบนยีน rRNA ที่ครอบคลุมหลายบริเวณ เพื่อให้สามารถระบุชนิดของเชื้อราได้อย่างละเอียด ไม่ว่าจะเป็นรา ยีสต์ หรือเห็ด ดังนี้

• การจัดลำดับ 18S rRNA : การจัดลำดับในบริเวณ 18S rRNA รับประกันผลลัพธ์ที่มีความยาวกว่า 1,600 เบส ซึ่งเป็นข้อมูลที่ละเอียดและครบถ้วนสำหรับการระบุชนิดเชื้อรา
  
  
• การจัดลำดับ ITS : การจัดลำดับในบริเวณ ITS (Internal Transcribed Spacer) รับประกันผลลัพธ์ที่มีความยาว 500 เบสหรือยาวกว่า มักใช้ในการระบุชนิดของเห็ดอย่างละเอียด
• การจัดลำดับ 26S rRNA (D1/D2/D3 region) : การจัดลำดับในบริเวณ 26S rRNA gene (D1/D2/D3 region) รับประกันผลลัพธ์ที่มีความยาว 1,300 เบสหรือยาวกว่า ซึ่งมักนำมาใช้ในการศึกษาและการจำแนกชนิดของยีสต์
  
  

กระบวนการทำงานที่ครบวงจร
บริการจาก Macrogen ครอบคลุมตั้งแต่การรับตัวอย่าง การสกัด DNA การทำ PCR การจัดลำดับด้วย Sanger และการเปรียบเทียบกับฐานข้อมูล BLAST เพื่อให้ได้ผลการระบุชนิดที่แม่นยำและน่าเชื่อถือ ตัวอย่างสามารถส่งมาในรูปแบบโคโลนีเดี่ยวบนจานวุ้นหรือเป็นสต็อกกลีเซอรอล และหากมีการสกัด DNA แล้ว ตัวอย่างก็สามารถส่งมาเป็น gDNA ได้

ตัวอย่างผลการทดลอง
เพื่อให้เข้าใจถึงการทำงานของ Macrogen ได้ชัดเจนยิ่งขึ้น จะขอยกตัวอย่างจากผลการทดลองนี้

ในตัวอย่างนี้ นักวิจัยได้ส่งตัวอย่างแบคทีเรียที่พบในสิ่งแวดล้อมมาที่ Macrogen ตัวอย่างถูกสกัด DNA และทำการ PCR โดยใช้ยีน 16S rRNA และไพรเมอร์ 27F และ 1492R หลังจากนั้นหาลำดับด้วย Sanger โดยใช้ไพรเมอร์ 785F และ 907R (ภาพด้านล่าง)

เราสามารถเห็นได้ว่าตัวอย่างแบคทีเรียถูกระบุเป็น Paracoccus marcusii ซึ่งมีความยาวลำดับ DNA อยู่ที่ 1430 เบส และมีความแม่นยำในการระบุที่ 99% นอกจากนี้รายงานยังแสดงแผนภาพ Phylogenetic tree ที่แสดงความสัมพันธ์ระหว่าง Paracoccus marcusii กับสายพันธุ์อื่นๆ ในฐานข้อมูล

การทดลองนี้แสดงให้เห็นถึงความสามารถของ Macrogen ในการระบุชนิดของแบคทีเรียจากตัวอย่างได้อย่างแม่นยำและรวดเร็ว โดยการใช้เทคโนโลยี 16S rRNA sequencing ทำให้นักวิจัยสามารถทราบชนิดของแบคทีเรียได้อย่างถูกต้อง ซึ่งเป็นข้อมูลสำคัญในการศึกษาทางชีววิทยาและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมต่างๆ