การวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ Capillary Electrophoresis Sequencing (CES)

การวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ CES ด้วยเทคนิค Sanger sequencing ได้รับความนิยมอน่างมาก เนื่องจากมีค่าใช้จ่ายไม่สูง และได้ผลที่มีประสิทธิภาพ บริการ CES จาก Macrogen  ได้รับความสนใจจากลูกค้าในหลากหลายสาขา อาทิ การวิจัยพื้นฐานด้านอณูวิทยา  การวิจัยด้านโรคทางพันธุกรรม การยืนยันความเป็นพ่อแม่ลูก การวิจัยทางนิติเวช และได้กลายเป็นกุญแจสำคัญในการพัฒนาวิทยาศาสตร์เพื่อชีวิตอย่างต่อเนื่อง สามารถแบ่งออกเป็น 6 บริการดังนี้

DNA standard sequencing service
บริการวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีโครงสร้างทั่วไป จากตัวอย่าง Plasmid หรือ PCR product ที่มีขนาดไม่เกิน 1,050bp โดยใช้ universal primer หรือ primer ตามที่ลูกค้าต้องการ นอกจากนี้ยังมีบริการเพิ่มเติมสำหรับการทำบริสุทธิ์ตัวอย่างและการสกัดเจล (Gel extraction) ข้อมูลที่ได้สามารถนำมาวิเคราะห์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูลด้วย  BlastX และ BlastN ได้ฟรี

Difficult sequencing service
ในกรณีที่ไม่สามารถหาลำดับนิวคลีโอไทด์จาก standard sequencing ได้ แนะนำให้ใช้บริการนี้ ซึ่งเป็นบริการวิเคราะห์ที่ได้รับการปรับปรุงขึ้นเพื่อใช้กับตัวอย่างที่มีโครงสร้างยุ่งยากได้แก่ siRNA with hairpin structure, Unusual secondary structure, GC rich, Homopolymeric tracts(poly G) และ GT ‒ Repetitive region

Primer Walking
เป็นบริการที่เหมาะกับตัวอย่างที่มีขนาด 2-10 kb ซึ่งมีขนาดใหญ่และไม่สามารถวิเคราะห์โดยใช้ primer 1 ตัวได้ โดย End sequencing จะใช้ primer ตามที่ลูกค้าต้องการ และออกแบบ internal primer เพิ่มเติมโดย Macogen อิงตามผลการทดลอง ซึ่งเป็นการขยายระยะทางในการอ่านเพื่อวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ให้สมบรูณ์

SNP & Mutation Analysis
เป็นบริการวิเคราะห์หา SNP (Single Nucleotide Polymorphism) Discovery การกลายพันธุ์เฉพาะจุด (point mutation) การกลายพันธุ์แบบ in/del และ assemble data analysis เพียงแค่ลูกค้าเลือกส่วนของยีนที่ต้องการและส่งตัวอย่างสำหรับวิเคราะห์ บริษัท Macrogen จะรับผิดชอบกระบวนการทั้งหมดตั้งแต่สกัด genomic DNA ออกแบบและสังเคราะห์ไพรเมอร์ PCR optimized, PCR amplification, จนถึงการหา SNP 

Identification
บริการหาลำดับนิวคลีโอไทด์เพื่อระบุสายพันธุ์จุลินทรีย์เทียบกับฐานข้อมูลใน rRNA database (NCBI) ไม่จำเป็นต้องสกัด gDNA สามารถส่งตัวอย่างทั้ง agar plate หรือ glycerol stock ได้เลย

• แบคทีเรีย
  ในแบคทีเรียวิเคราะห์โดยใช้ยีน 16S rRNA ร่วมกับไพรเมอร์ 27F และ 1492R ในการวิเคราะห์ และกรณีที่มีขนาด 1400 bp จะดำเนินการเพิ่มเติมโดยใช้ internal primer คือ 785F และ 907R เพื่อระบุสายพันธ์แบคทีเรีย
  
  
  
• Fungi
  วิเคราะห์โดยใช้ 18S rRNA กรณีที่มีขนาด 1600 bp
  วิเคราะห์โดยใช้ยีน 26S rRNA (D1/D2/D3 region) กรณีที่มีขนาด 1300 bp
  วิเคราะห์โดยใช้ ITS region กรณีที่มีขนาด 500 bp
  

Fragment Analysis
ให้บริการครอบคลุมการตรวจจีโนไทป์ หารูปแบบสารพันธุกรรม (DNA profile) การตรวจการกลายพันธุ์ทางการแพทย์ ด้านสิ่งแวดล้อมและด้านเกษตร ใช้ตรวจวิเคราะห์ตัวอย่าง PCR product ที่ติดสี fluorescent เท่านั้น มีบริการตั้งแต่ PCR optimization ไปจนถึงการวิเคราะห์ Fragment ผลวิเคราะห์จะอยู่ในรูป FSA file

• Available dye set and Standard Marker Types
  
  
  
• What Data to receive?
  3730xl raw data (.fsa), against allele values analyze by Genemapper, peaks of allele (.pdf); domestic service, extra charge size standard-1200LIZ
  
  

https://dna.macrogen.com/pageLinkDnaSys.do?menuCd=SUP100200&layout=page_sub&link=%2Fsupport%2FretrieveGuideCes#none

ตรวจสอบเรทราคาค่าบริการได้ที่  >> https://www.smartscience.co.th/service